輻照加工企業的成本大致分為：設備投資及折舊、設施的維護及運行成本、輻照加工成本、人力成本等。企業在計劃建設輻射裝置時，首選考慮的應是一次性的設備投資、輻照加工及設備的運行維護。如果以目前國產的10MeV高能加速器與50萬居里的鈷源設施為例，一次性設備及建筑投入兩者約在2000～2400萬元人民幣左右（進口加速器的投資成本另當別論），鈷源裝置的投入加上了輻射源的首次購買費用，因此加速器的投入與鈷源裝置投入基本相當。
運行成本主要為直接的能源成本和間接成本。加速器裝置主要是電源的消耗，約為15元/千瓦時電子束輸出；而鈷60裝置主要是定期的鈷源補充，約為24元/千瓦時γ射線輸出。間接成本主要是鈷60的廢源處理成本，約為3～10元/千瓦時γ射線輸出，而電子加速器則沒有。相比之下鈷源的運行成本高于電子加速器。
食品、藥品及醫療器械的消毒滅菌輻照加工成本主要取決于輻射加工的射線利用率。據研究10MeV的電子加速器的射線利用率最高可達50%，通常約為10%～40%。而鈷60γ射線的最高利用率為42%，通常在8%～35%之間。
除此以外，對成本的影響還有其它不確定因素。對于鈷60γ射線裝置來說，我國的鈷源一直是依賴國外進口，價格受國外廠商控制。但據了解國內目前已經能夠生產符合國際標準的鈷源，并已開始在401分裝，隨著鈷源國產化，鈷源價格成本今后會降低。鈷源是特殊的商品，如果管理不到位，對社會具有較高危險程度，因此國家對放射性物質的管理
也在進一步嚴格和規范，這對鈷源的運輸成本、廢源的處理和安保措施等會增加難度和費用（包括環境因素和防范恐怖分子等因素的影響）。設備運行的穩定性是影響電子加速器的關鍵因素之一，即設備的年運行生產時間直接關系到收益情況。
另外，國內高能加速器設備近年才在技術上實現突破，真正在食品輻照方面的產業化應用還沒有或使用的范圍很窄。電子加速器輻照食品的種類、工藝研究，質量標準等技術方面的研究都還不成熟。而鈷60γ輻照裝置，生產工藝、技術標準等都相當成熟，在近一段時間內具有投資風險較小的優勢。加速器設備本身一直以來都比鈷源裝置貴，但參照半個世紀以來加速器的能量以每十年一個數量級的增長，而單位能量的造價以每十年一個數量級的下降的規律，隨著技術的發展，高能加速器的性價比也會越來越高。
在設備的維護上加速器較鈷60γ裝置復雜，對運行維護人員的技術要求更高。
